سازمان مطالعه و تدوین كتب علوم انسانی دانشگاه‌ها (سمت)

پژوهشگاه حوزه و دانشگاه

دانشگاه معارف اسلامی (وابسته به نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها)

دانشگاه جامع امام حسین(ع)

مؤسسه مطالعات تاریخ معاصر ایران

جامعة المصطفي العالمية

مركز مديريت حوزه‌هاي علميه خواهران

معاونت پژوهش بنا به رسالت خود كه همانا تلاش برای تولید علوم انسانی اسلامی می‌باشد و در راستای چشم‌انداز مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) به منظور ارائة افكار و اندیشه‌های نوین، عمیق و مستدل اسلامی در حوزه‌های علوم انسانی برای سطوح مختلف جامعه، تأمین منابع آموزشی و پژوهشی معتبر برای مراكز دانشگاهی و حوزوی در زمینة علوم انسانی ـ اسلامی، تلاش علمی و عملی در جهت وحدت حوزه و دانشگاه و اسلامی‌سازی دانشگاه، و هم‌افزایی و انتقال تجربیات مفید پژوهشی بین مراكز، همكاری با مراكز مختلف و معتبر حوزوی و دانشگاهی را سرلوحه فعالیت‌های پژوهشی خود قرار داده است.