در راستای فعالتر ساختن گروههای پژوهشی و گسترش کمّی و کیفی فعالیتهای پژوهشی مؤسسه، تقویت روحیه پژوهش گروهی و زمینهسازی برای تولید علم و نظریهپردازی، کارگروههای پژوهشی معاونت پژوهشی تأسیس شدهاند.
این كارگروههای پژوهشی بعد از برگزاری جلسات متعدد، نظام جامع موضوعاتی را تهیه میكنند كه بعد از تصویب به عنوان راهنمای فعالیتهای كارگروه مبنای عمل قرار گرفته و فعالیتهای پژوهشی بر اساس آنها سامان مییابد.
ارائه پیشنهاد راهاندازی کارگروه جدید با همکاری گروه علمی مربوط؛
پیشنهاد اولویت موضوع برای تشکیل کارگروه به گروه علمی مربوط؛
تهیه گزارش از روند تشکیل هر کارگروه به رئیس اداره کارگروهها؛
انجام خدمات و ارائه پشتیبانی لازم برای تأسیس کارگروهها؛
ارائه مشاوره به دبیران کارگروهها برای تهیه طرح جامع در هر کارگروه؛
نظارت بر پیشرفت ابعاد مختلف طرح جامع؛
ارائه گزارش از طرحهای پژوهشی و برنامه جامع کارگروه به رئیس اداره؛
ارائه مشاوره و نظارت بر روند تدوین طرحهای جامع هر کارگروه؛
تهیه گزارش از تدوین طرحهای هر یک از اعضای کارگروه؛
پیگیری سایر امور محوّل از سوی رئیس اداره.